污染在水里，根源在岸上。2014年以来，郑晓君先后负责对医化、电镀、印染、造纸、制革、水产冷冻、非电镀表面处理、砂洗、涉氮磷行业、修造船行业等十多个行业400多家企业进行整治，参与或负责起草各行业整治标准，完成验收销号。2018年至今，共创建验收“污水零直排”工业区（集聚点）54个，并每年开展“回头看”检查，基本实现工业企业雨污分流，工业废水纳管排放，减轻工业源污染对河道的压力。

近几年，治水工作不断从点源治理、断面污染防治转向面源治理、流域综合整治。其间，郑晓君参与《温岭市水生态环境保护“十四五”规划》《温岭市水环境质量综合提升方案》、江厦大港国控断面综合提升项目、金清大港滨海段水质保障与水生态修复项目等。实施金清大港沿线污染防治各项规划方案，组织开展生态缓冲带建设、金清大港沿线一公里工业企业调查整治、入河排口排查整治。积极开展生态治水，推进石塘诸湾美丽海湾建设、九龙湖国家湿地公园生态修复、美丽河湖创建、星级园区建设等。